El doctor Francisco Valdés realizó sus estudios médicos en la Pontificia Universidad Católica, donde además obtuvo su especialización en cirugía general.
Entre 1979 y 1982 estudió en la Cleveland Clinic. Ohio, EEUU, donde realizó investigaciones en el área cardiovascular y obtuvo su Fellowship en Cirugía Vascular.
Es además profesor del Departamento de Cirugía Vascular de la Universidad Católica, donde participó en la creación del primer programa de formación de posgrado en la especialidad, y ha sido pionero en Chile en la aplicación de tratamientos endovasculares.